花色的差异是困扰天然石材行业的一个难题，当然不排除在个别情况下，不同的花色反而造就出统一色泽无法比拟的自然美感。五莲红作为当前北方花岗岩领域的中流砥柱，广泛应用在楼宇外墙干挂、室内铺设等领域，需要整体效果一致，且与人近距离接触，对花色、色差的要求比较苛刻。虽然五莲红矿山的分布高度集中在代吉子村附近区域，但多个花色的问题依然困扰这一品种。
谈到花色，首先要区分为两种情况，一种是同一座矿山的花色差异，也就是我们通常所讲“色差”。如果一座矿山存在明显的色差，则采用该矿荒料所加工的五莲红成本的色差就难以避免，如果对花色有较高要求，还要坚持使用该矿的荒料，石材成品的淘汰率及成本就会大大上升。
另一个情况就是不同矿山的花色差异，也就是通俗上大家所认可的“花色”的概念。这种差异对石材加工来讲无伤大雅，只要不出现人为的失误，误将来自不同矿山的荒料混淆加工，就不会出现花色差异的情况。
整体来讲，五莲红的色差情况并不严重，产自统一矿山的荒料不会存在明显的花色差异，这为加工提供便宜的同时，也为其大规模的应用铺平了道路。但不同矿山的花色差异还是很显著的。主要的划分标准就是红色部分的鲜艳程度及花纹的大小差异，小花色比大花色更受欢迎，偏红的比偏白的更有价值。
磨光板由于其对花色的敏感，通常会选用小花深红料，效果最为美观大方；火烧板、路沿石等由于其对花色并不敏感，产品的装饰价值低，往往会选用更具成本优势的大花色偏白料。